一说，黄帝时有缙云氏后裔居此，故称缙云山。据郡志载宋灵成侯庙碑云;"此山出于禹别九州之前，黄帝时有缙云氏不才子曰混沌，高辛氏亦有不才子八人投于巴(宗)以御魑魅，名基于此"，故得山名，这是一种传说。二说，因缙云寺而得名。另据《重庆府志》描述渝州十二景，有王尔鉴的《缙岭云霞》诗，其序云:"缙云山九峰争秀，色赤如霞。缙，赤色也"。缙云山间云雾缭绕，气象万千，云霞时常变得色赤如火，姹紫嫣红，五彩缤纷。古人以赤多白少为缙，故名缙云，遂为山名，这又是一种传说。
三说，缙云山在远古时代叫做巴山。山上松翠花香，山下嘉陵碧流，在这一带，居住着两个勤劳而善良的氏族，一个是巴族，一个是賨族(音丛)。他们和睦相处，靠打猎和捕鱼为生。山上有一个石穴，终年翻涌着一股暖人心脾的温泉水。这水，据说是王母娘娘的玉液池裂了一条缝，流淌到巴山来的仙水，巴山上的人喝了这仙水，岁数都活得很长很长;洗了这仙水，从不生疮染病。巴、賨两个氏族过得十分快乐。到了轩辕皇帝打败了炎帝，统一了中原以后，大封功臣，把一个掌管驱疫、驱鬼的臣子封为夏官、赐了他一个姓氏，就叫缙云氏。
缙云氏生了一个名荼的儿子，性情暴躁，常在外为非作歹，涂炭生灵。老百姓控告到皇帝那儿，皇帝大怒，准备下令把荼处以极刑。缙云氏十分恐惧，他想起了同朝共事的高辛氏也有八个不成器的儿子，便去找他商量主意。他们终于盘算出了一个办法，向皇帝汇报说，巴山有一个仙泉，恳请皇帝批准由他们的儿子带兵到巴山一带去征服当地的氏族，夺取仙泉，将功赎罪。皇帝想占有仙水，于是，缙云氏之子荼为帅，高辛氏八子当先锋，率领上万兵士，溯江而上。一路上烧杀抢掠，巴族、賨族英勇抵抗。
终因寡不敌众，最后剩下九位年轻的勇士退到嘉陵江边的巴山上，以喝巴山仙水补充精力，坚持奋战了七天七夜，进攻者死伤数千人，荼帅气得两眼喷出火花，将缙云山巴山的树木烧光了，岩石熔化了，鸟儿飞走了，老虎被烧死了，连巴山上空的云朵也被烤成绯红绯红的，待满山大火熄灭，九位勇士化成九座雄伟高大的山峰，挡着进攻者的去路，它就是现在的缙云九峰。从那时起，巴山上空的云彩，一早一晚，总是绯红绯红的，古时称赤色为缙色，于是人们便逐渐把巴山称为缙云山了。
四说，地方志记载，4700年前，华夏始祖轩辕黄帝就在此山修道炼丹，因为丹成之时天空出现非红非紫的祥云，轩辕黄帝遂命名为缙云，缙云山因此而得名。《大明正统道藏》"历世真仙体道通鉴卷"中也记载:'轩辕黄帝往，炼石于缙云堂，于地炼丹时，有非红非紫之云现，是曰缙云， 因名缙云山'。
